Kostrzyn jako twierdza zaczął się kształtować za panowania margrabiego Jana. Prace budowlane rozpoczęły się w
1537r które finansowała cała Nowa Marchia. W tym samym roku uchwalono podatek łanowy na budowę twierdzy. Pracowali przy niej przymusowo wysyłani mieszkańcy Nowej Marchii. W
1542r Kostrzyn znajdował się już wewnątrz fortyfikacji. Tworzyły je ziemne wały i basteje oraz mokre fosy. Rok później twierdza wyposażona już była w armaty z Chojny, a w następnym roku z Chociebuża.
Miasto przed ufortyfikowaniem
Ziemne umocnienia okazały się mało trwałe i już po pierwszej powodzi w 1544r nastąpiła konieczność ich remontu. Również tym razem pieniądze pochodziły 3-letniego podatku od łanu. W
1553r rozpoczęto prace nad stawianiem umocnień murowanych. Wznoszenie nowoczesnych umocnień typu włoskiego zakończono w
1590r. Autorem i twórcą twierdzy Kostrzyn był włoski inżynier Francesco Chiaramella z Gandino. Jego dzieło kontynuował włoski inżynier z Drezna - hrabia Roch Guerrini-Linari.
Rozmach umocnień zmusił do płacenia różnych podatków jeszcze przynajmniej do roku 1571(ostatnia wzmianka). Zatrudniano ludzi z Ziemi Torzymskiej, powiatu gorzowskiego, drawskiego i choszczańskiego. Wyżywienie robotnikom zapewniały folwarki margrabiego w Dębnie, Namyślinie, Drzewicach i Szumiłowie.
Twierdza z połowy XVIIw. Na uwagę zasługuje brak Bastionu Brandenburgia
Kostrzyńska twierdza zbudowana została na planie nieregularnego sześcioboku na wierzchołkach którego umieszczono 4 ostrokątne bastiony narożne (Król, Królowa, Księżniczka, Filip) i 2 bastiony sześciokątne (Brandenburgia i Książę). Jeden z nich - Brandenburgia - podmyła Odra i uległ zniszczeniu. Zastąpiono go bardziej odpornym uskokiem kurtyny (patrz rycina).