Spichlerz wzniesiony został w 1798 lub według źródła (z Wojewódzkiego Urzędu Ochrony Zabytków) w 1772 roku na fundamentach bastionu, który w czasie wojny 30-letniej bronił landsberskiego przedmościa.
Na planach miasta z 1863 roku zaznaczony jest jako "Proviant Magazin" a inne lakoniczne zmianki o jego przeznaczeniu zawierają informację, że podlegał wojskowym władzom aprowizacyjnym.
Po II wojnie światowej spichlerz jako, że posiada konstrukcję tzw. "muru pruskiego" awansował do rangi zabytku i w 1961 roku został wpisany do rejestru zabytków.
Spichlerz zaraz po wojnie zajęła Gminna Spółdzielnia, która niezbyt dbała o stan swojego magazynu, a o remoncie nie było nawet mowy. Spichlerz popadał w ruinę i dopiero w roku 1980 rozpoczęto jego gruntowną renowację oraz adaptację na cele muzealne. Otwarcie muzeum nastąpiło 31. 01. 1989 roku o godz. 13.00.
Najstarsza fotografia spichlerza pochodzi z 1888 roku wykonana przez W. Hermanna. Możemy ją obejrzeć, poprawioną obróbką komputerową w albumie pod red. J.T Finstera i R. Piotrowskiego " Gorzów wczoraj i dziś". Jest też sztych wykonany najprawdopodniej w roku 1790, którego miniaturkę można zobaczyć w "Encyklopedii Gorzowa" pod red. Jerzego Zysnarskiego.
Na starych widokówkach próżno szukać tego obiektu. Wydawcy widokówek prawie nie panoramowali Zamościa. Nic dziwnego. Stara, podupadająca budowla nie stanowiła wdzięcznego tematu do fotografowania a tymbardziej do umieszczania go na reprezentacyjnych pocztówkach.